SVT

ACADÉMIE DE LA RÉUNION

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TUIC

lettre du 25 octobre

Chers et chères collègues;
1- Tout d'abord désolé pour les envois doubles, ou plus... j'essaie de mettre à jour la liste de diffusion mais pas à la vitesse que j'espérai !
Message très récent de l'équipe Acces qui pilote le logiciel Anagène, qui permettra à tous d'avoir la version utile gratuitement pour les nouveaux programmes de lycée, avec les fichiers inclus, et qui sera mise à jour au téléchargement gratuit lorsque les modifications liées au nouveau programme de terminale seront réalisées. Si vous avez, comme moi, investi avant cette information, dites vous que c'est pour la bonne cause et pour la création de nouveaux outils pour l'avenir de nos enseignements !

Vous êtes détenteur d'une ancienne version d'Anagène (version 1 de 1997 ou 1.8 de 2003) ? Vous pouvez télécharger gratuitement Anagène 2 (2006).

Explications à l'adresse suivante :

http://acces.inrp.fr/evolution/logiciels/anagene/passer-a-anagene2

Informations pratiques et téléchargement à l'adresse suivante:

http://www2.cndp.fr/svt/anagene/

2- sur "lesite.tv", auquel doit être abonné votre établissement, dans les nouveautés, des séquences vidéo extraites de l'émission "c'est pas sorcier" sur les antibiotiques et antibiogrammes ainsi que sur la résistance développée. Téléchargement gratuit après enregistrement (demander les mots de passe à votre CDI je suppose).
3- Un article intéressant à lire  (à propos des transposons):

http://bigbrowser.blog.lemonde.fr/2011/10/14/evolution-la-grossesse-humaine-nous-vient-elle-dun-virus/
4-Gplates

Le site GPlates propose la description et la simulation des mouvements des plaques tectoniques à travers le temps géologique en utilisant des reconstructions de tectonique des plaques. Ces reconstructions sont issues des calculs des positions probables, des orientations et des mouvements des plaques tectoniques à travers le temps, en fonction de l'importance relative des positions de plaques à divers moments dans le passé (des données géologiques, géophysiques et paléo-géographiques peuvent être jointes à la simulation de plaques, permettant à un chercheur de retracer les mouvements et les interactions de ces données à travers le temps).

5-Un dossier imposant sous forme de diaporama sur le thème "masculin/féminin" téléchargeable. Beaucoup de référence à l'art.


http://www.ac-aix-marseille.fr/pedagogie/jcms/c_87932/feminin-masculin

Lettre 22 septembre 2011

Du 22 septembre :Une mise en ligne du portail national de ressources SVT .
http://www.eduscol.education.fr/svt

Il est encore à ses balbutiements et tous vos retours sur les bugs éventuels sont bienvenus. Plusieurs sont bien connus dans la partie "Enseigner/ ressources et usages numériques" et viennent d'un doublon temporaire avec "feu" Educnet. Cela devrait rentrer dans l'ordre bientôt.

Un moissonnage automatique des ressources des sites ENS est aussi  réalisé, il est opérationnel pour Planet Terre (voir Se former/par thème), il est en cours de mise au point pour les sciences de la vie.


Lettre 8 septembre 2011

1- ANAGENE
Le programme de première S inclut de nouvelles notions, en particulier celles de l'épissage et l'épissage alternatif des ARN prémessager. Le découpage en introns/exons avec délimitation des tailles des séquences peut se faire facilement et très visuellement avec les séquences appropriées. La fonction DOT-PLOT qui permet de réaliser cette étude n'existe pas sur les anciennes versions d'anagène où l'icône qui la représente reste désespérément grise...
Il faut donc acquérir la version 2 qui éxécute ce travail : le bon de commande est accessible à la page suivante, mais il faut l'imprimer puis l'envoyer par courrier après l'avoir rempli... Il y a donc un délai.

http://www2.cndp.fr/Produits/Panier/Panier.asp?Ref=755A2470&Etat=1

Cela dit, il y a possibilité de travailler le dot-plot en ligne si on ne dispose pas à temps de la version 2 d'anagène:   page d'explications (in english...) à  http://www.vivo.colostate.edu/molkit/dnadot/bkg.html et page de travail à  http://www.vivo.colostate.edu/molkit/dnadot/index.html .
Pour réaliser une comparaison en dot-plot entre un ARN prémessager et un ARN messager mature, vous devez d'abord ouvrir ces séquences dans anagène (exemple du fichier GH1.edi téléchargeable sur le site "acces" de l'INRP. Mais il faut aussi avoir atteint la page de travail du dot-plot en ligne ! Cliquez sur la première séquence à utiliser, non pas sur son intitulé, mais sur un des nucléotide puis, dans le menu "édition" cliquer sur "sélectionner tout". La séquence apparait en bleu. De nouveau le menu "édition" et cliquer "copier" : On passe alors dans la page de travail et on clique sur la fenêtre vide "DNA Number 1", puis clic droit pour coller la séquence. La séquence était de l'ARN mais l'application remplace toutes les Uraciles par des Thymines (ce qu'il faut préciser mais qui ne change rien à l'analyse). On retourne dans anagène pour aller chercher la seconde séquence que l'on va coller dans la seconde fenêtre "DNA number 2". Les 2 séquences peuvent maintenant être analysées : cliquer sur "Make Plot". On voit apparaître les morceaux communs entre les 2 séquences et les 2 fenêtres de séquences ont maintenant une numération des nucléotides . En cliquant sur l'extrémité d'un des fragments obtenus sur le tracé, on obtient la position du nucléotide cliqué dans la première molécule et dans la seconde : on peut donc délimiter approximativement la taille des exons et définir ce qui a disparu comme introns. Avec un autre ARN mature placé dans la fenêtre 2, on obtiendra un nombre d'exons différents... On peut jouer sur "window size" mais avec un nombre impair et sur "mismatch limit" pour modifier la lisibilité. On peut aussi voir ce que donne initialement la comparaison entre une séquence et elle même (une droite) pour la compréhension du modèle. ( et localiser des séquences répétées dans un gène...).
Autre possibilité pour copier/coller les séquences : Un fichier edi (du format pour anagène) peut aussi s'ouvrir avec un traitement de texte (open ou word). On pourra alors facilement les modifier pour obtenir ce que l'on souhaite... et le "texte" obtenu se copie et se colle aussi bien.
Un second site peut le faire, mais il faudrait convertir le format des séquences, je n'ai pas encore cherché la solution...  à http://mobyle.pasteur.fr/cgi-bin/portal.py?#forms::polydot
Dans tous les cas, des informations précieuses avec les fichiers utilisables par les concepteurs d'Anagène, merci à eux ! c'est à  http://acces.inrp.fr/evolution/logiciels/anagene/programmes-de-1ere-s-2011
Et bien sur la possibilité de montrer l'existence d'introns par anagène 1 en comparant les ARN prémessager et messager en taille puis avec l'alignement avec discontinuité.

2- Sur le Forum de SVT.
Laurent Loison est Docteur en Histoire des Sciences et des Techniques et Chercheur, spécialiste de l'histoire des théories de l'évolution en France. Il est également professeur de SVT.

Voir une présentation plus complète sur son site : http://loison.laurent.free.fr/

Nous avons fait appel à lui car nous devons aborder certains sujets des nouveaux programmes, en biologie ou géologie, sous l'angle de la construction de la Science. Son expérience de chercheur et d'enseignant est donc très précieuse!
Il a répondu favorablement à notre invitation pour la rentrée, en Septembre-Octobre.


Adresse du forum : http://garonne.ac-toulouse.fr/svt/phpBB/

3- Phylogène/anagène.
Phylogène : la version 2011 mise en expérimentation l'année dernière n'a recueilli ni bogues signalées ni corrections majeures. Elle s'avère stable ; quelques améliorations discrètes ont été apportée qui ne modifient pas le fonctionnement d'ensemble. Si une version 2011 a déjà été installée, une réinstallation n'est donc pas indispensable (bien qu'il soit toujours recommandé de disposer de la version la plus récente). Une page en  cours de construction détaillera les ajouts apportés.
Le téléchargement du logiciel par les élèves est maintenant possible à partir du serveur ACCES et d'une entrée spécifique dans la page d'accueil ; cet accès est libre et permet de télécharger la même version que celle des enseignants (c.a.d. avec toutes les collections). L'accès à partir du serveur Biotic sera fermé à brève échéance.
L'espace réservé aux enseignants comporte des développements qui s'adressent spécifiquement aux enseignants. Pour le moment il reste accessible avec identifiant et mot de passe (ce qui permet de maintenir la liste de diffusion), mais nous allons évaluer l'utilité de continuer ou de lever cette protection.
Les programmes de terminale ayant été publiés, de nouvelles ressources pour l'enseignement de l'évolution seront ajoutées si nécessaire pour la rentrée 2012.
Accès : http://acces.inrp.fr/evolution/logiciels/phylogene
Anagène : de nouvelles ressources pour l'enseignement de la génétique en 1ère ont été constituées.  Elles sont accompagnées d'une analyse de l'évolution des programmes au fil du temps et d'une lecture des programmes maintenant en vigueur en fonction de laquelle les nouvelles ressources sont proposées.
Ces ressources ont été mises au point avec la version 2 du logiciel, diffusée par le CNDP depuis 2006. (Rappel : de mémoire, la version 1 de Anagène date de 1997, et la version 1.8 de 2000 ou 2001).
Les ressources supplémentaires que pourraient appeler les nouveaux programmes de terminale seront envisagées pour la rentrée prochaine.
Accès : http://acces.inrp.fr/evolution/logiciels/anagene
3- Tutoriel pour SIG :
Je viens de publier un tutoriel "scolaire" pour QGIS version 1.7
http://www.pedagogie.ac-nantes.fr/06714923/0/fiche___ressourcepedagogique/&RH=1160067860062 <http://www.pedagogie.ac-nantes.fr/06714923/0/fiche___ressourcepedagogique/&RH=1160067860062>
Par rapport à la version 1.6 qui disparaîtra à terme, en dehors des petits changements d'ergonomie, j'ai retravaillé la projection à la volée, le changement de système de projection, les MNT et les fonctions d'impression qui sont les principales nouveautés de cette version.
Bonne lecture et bonne rentrée à tous.
Cordialement

--
François Cordellier
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Lettre 27 juin 2011

1) Une enquête qui ne prend que 2 minutes à renseigner sur la lettre TIC'Edu. C'est jusqu'au 30 juin, donc un peu court en temps : entièrement ma faute car j'avais oublié de diffuser le message. Désolé pour cela.
"Vous trouverez ci-dessous le lien vers l'enquête en ligne sur les lettres TIc'Edu .
L'enquête sera en ligne jusqu'au 30 juin .


http://questionnaire.orion.education.fr/dt/Bilan-diffusion-lettre-TICEDU%202011 "

2) Une fresque des temps géologiques interactive avec les grandes étapes biologiques, en ligne à : http://svt.ac-creteil.fr/?Le-temps-Quelle-histoire-A-la-recherche-des-temps-perdus

3) Petit logiciel sur le système de récompense (utile pour le nouveau programme de première S) à : http://svt.ac-dijon.fr/dyn/article.php3?id_article=270

4) Un site dédié au CAPES interne de SVT : http://pedagogie.ac-toulouse.fr/svt/serveur/capesint/

Lettre 13 mars 2011

Du 13 mars 2011 :
Certes, un évènement catastrophique que ce séisme et le tsunami qui a suivi...
Cela dit, et pour pouvoir commenter avec les élèves à la rentrée et travailler sur les causes, un fichier KMZ (qui s'ouvre avec Google earth) avec les références et les liens associés (profondeur du moho, vidéo). Donc, pour rappel, lorsque le fichier s'ouvre dans Google earth, on arrive sur le Japon. Pour pouvoir accéder à toutes les informations du fichier (epicentre, sismogrammes, vidéos..), il faut cliquer sur le fichier qui est initialement placé dans la fenêtre de gauche "lieux" et "lieux temporaires" tout en bas de la liste. Pour le conserver dans Google earth, l'enregistrer dans "mes lieux préférées".
Si le fichier ne fonctionne pas, le télécharger  à : http://eduterre.inrp.fr/eduterre-usages/ressources_gge/subduction_Japon/subduction_Japon
Très cordialement, Laurent His .

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