SVT

ACADÉMIE DE LA RÉUNION

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Lettre 8 septembre 2011

1- ANAGENE
Le programme de première S inclut de nouvelles notions, en particulier celles de l'épissage et l'épissage alternatif des ARN prémessager. Le découpage en introns/exons avec délimitation des tailles des séquences peut se faire facilement et très visuellement avec les séquences appropriées. La fonction DOT-PLOT qui permet de réaliser cette étude n'existe pas sur les anciennes versions d'anagène où l'icône qui la représente reste désespérément grise...
Il faut donc acquérir la version 2 qui éxécute ce travail : le bon de commande est accessible à la page suivante, mais il faut l'imprimer puis l'envoyer par courrier après l'avoir rempli... Il y a donc un délai.

http://www2.cndp.fr/Produits/Panier/Panier.asp?Ref=755A2470&Etat=1

Cela dit, il y a possibilité de travailler le dot-plot en ligne si on ne dispose pas à temps de la version 2 d'anagène:   page d'explications (in english...) à  http://www.vivo.colostate.edu/molkit/dnadot/bkg.html et page de travail à  http://www.vivo.colostate.edu/molkit/dnadot/index.html .
Pour réaliser une comparaison en dot-plot entre un ARN prémessager et un ARN messager mature, vous devez d'abord ouvrir ces séquences dans anagène (exemple du fichier GH1.edi téléchargeable sur le site "acces" de l'INRP. Mais il faut aussi avoir atteint la page de travail du dot-plot en ligne ! Cliquez sur la première séquence à utiliser, non pas sur son intitulé, mais sur un des nucléotide puis, dans le menu "édition" cliquer sur "sélectionner tout". La séquence apparait en bleu. De nouveau le menu "édition" et cliquer "copier" : On passe alors dans la page de travail et on clique sur la fenêtre vide "DNA Number 1", puis clic droit pour coller la séquence. La séquence était de l'ARN mais l'application remplace toutes les Uraciles par des Thymines (ce qu'il faut préciser mais qui ne change rien à l'analyse). On retourne dans anagène pour aller chercher la seconde séquence que l'on va coller dans la seconde fenêtre "DNA number 2". Les 2 séquences peuvent maintenant être analysées : cliquer sur "Make Plot". On voit apparaître les morceaux communs entre les 2 séquences et les 2 fenêtres de séquences ont maintenant une numération des nucléotides . En cliquant sur l'extrémité d'un des fragments obtenus sur le tracé, on obtient la position du nucléotide cliqué dans la première molécule et dans la seconde : on peut donc délimiter approximativement la taille des exons et définir ce qui a disparu comme introns. Avec un autre ARN mature placé dans la fenêtre 2, on obtiendra un nombre d'exons différents... On peut jouer sur "window size" mais avec un nombre impair et sur "mismatch limit" pour modifier la lisibilité. On peut aussi voir ce que donne initialement la comparaison entre une séquence et elle même (une droite) pour la compréhension du modèle. ( et localiser des séquences répétées dans un gène...).
Autre possibilité pour copier/coller les séquences : Un fichier edi (du format pour anagène) peut aussi s'ouvrir avec un traitement de texte (open ou word). On pourra alors facilement les modifier pour obtenir ce que l'on souhaite... et le "texte" obtenu se copie et se colle aussi bien.
Un second site peut le faire, mais il faudrait convertir le format des séquences, je n'ai pas encore cherché la solution...  à http://mobyle.pasteur.fr/cgi-bin/portal.py?#forms::polydot
Dans tous les cas, des informations précieuses avec les fichiers utilisables par les concepteurs d'Anagène, merci à eux ! c'est à  http://acces.inrp.fr/evolution/logiciels/anagene/programmes-de-1ere-s-2011
Et bien sur la possibilité de montrer l'existence d'introns par anagène 1 en comparant les ARN prémessager et messager en taille puis avec l'alignement avec discontinuité.

2- Sur le Forum de SVT.
Laurent Loison est Docteur en Histoire des Sciences et des Techniques et Chercheur, spécialiste de l'histoire des théories de l'évolution en France. Il est également professeur de SVT.

Voir une présentation plus complète sur son site : http://loison.laurent.free.fr/

Nous avons fait appel à lui car nous devons aborder certains sujets des nouveaux programmes, en biologie ou géologie, sous l'angle de la construction de la Science. Son expérience de chercheur et d'enseignant est donc très précieuse!
Il a répondu favorablement à notre invitation pour la rentrée, en Septembre-Octobre.


Adresse du forum : http://garonne.ac-toulouse.fr/svt/phpBB/

3- Phylogène/anagène.
Phylogène : la version 2011 mise en expérimentation l'année dernière n'a recueilli ni bogues signalées ni corrections majeures. Elle s'avère stable ; quelques améliorations discrètes ont été apportée qui ne modifient pas le fonctionnement d'ensemble. Si une version 2011 a déjà été installée, une réinstallation n'est donc pas indispensable (bien qu'il soit toujours recommandé de disposer de la version la plus récente). Une page en  cours de construction détaillera les ajouts apportés.
Le téléchargement du logiciel par les élèves est maintenant possible à partir du serveur ACCES et d'une entrée spécifique dans la page d'accueil ; cet accès est libre et permet de télécharger la même version que celle des enseignants (c.a.d. avec toutes les collections). L'accès à partir du serveur Biotic sera fermé à brève échéance.
L'espace réservé aux enseignants comporte des développements qui s'adressent spécifiquement aux enseignants. Pour le moment il reste accessible avec identifiant et mot de passe (ce qui permet de maintenir la liste de diffusion), mais nous allons évaluer l'utilité de continuer ou de lever cette protection.
Les programmes de terminale ayant été publiés, de nouvelles ressources pour l'enseignement de l'évolution seront ajoutées si nécessaire pour la rentrée 2012.
Accès : http://acces.inrp.fr/evolution/logiciels/phylogene
Anagène : de nouvelles ressources pour l'enseignement de la génétique en 1ère ont été constituées.  Elles sont accompagnées d'une analyse de l'évolution des programmes au fil du temps et d'une lecture des programmes maintenant en vigueur en fonction de laquelle les nouvelles ressources sont proposées.
Ces ressources ont été mises au point avec la version 2 du logiciel, diffusée par le CNDP depuis 2006. (Rappel : de mémoire, la version 1 de Anagène date de 1997, et la version 1.8 de 2000 ou 2001).
Les ressources supplémentaires que pourraient appeler les nouveaux programmes de terminale seront envisagées pour la rentrée prochaine.
Accès : http://acces.inrp.fr/evolution/logiciels/anagene
3- Tutoriel pour SIG :
Je viens de publier un tutoriel "scolaire" pour QGIS version 1.7
http://www.pedagogie.ac-nantes.fr/06714923/0/fiche___ressourcepedagogique/&RH=1160067860062 <http://www.pedagogie.ac-nantes.fr/06714923/0/fiche___ressourcepedagogique/&RH=1160067860062>
Par rapport à la version 1.6 qui disparaîtra à terme, en dehors des petits changements d'ergonomie, j'ai retravaillé la projection à la volée, le changement de système de projection, les MNT et les fonctions d'impression qui sont les principales nouveautés de cette version.
Bonne lecture et bonne rentrée à tous.
Cordialement

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François Cordellier
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